Son funciones del Despacho del Viceministro de Agua y Saneamiento Básico, las siguientes:
 

• Presentar propuestas relacionadas con la formulación, implementación, seguimiento y evaluación de las políticas,  estrategias, programas y planes de agua potable y saneamiento básico.
• Proponer los lineamientos para la identificación de las fuentes de financiamiento para el sector de agua potable y saneamiento básico y coordinar la asignación de los recursos provenientes de dichas fuentes. 
• Proponer los lineamientos de política para incentivar la aplicación de principios de gestión empresarial eficiente en la prestación de servicios públicos de acueducto, alcantarillado y aseo.
• Presentar los criterios y lineamientos para la viabilización de los proyectos de agua potable y saneamiento básico.
• Presentar los criterios y lineamientos para el seguimiento de los proyectos de agua potable y saneamiento básico.
• Desarrollar esquemas para la financiación de los subsidios en los servicios públicos domiciliarios de acueducto, alcantarillado y aseo, vinculando los recursos que establezca la normativa vigente.
• Coordinar con el Departamento Nacional de Planeación y la Superintendencia de Servicios Públicos Domiciliarios, la definición y aplicación de las variables y criterios para la distribución de los recursos del Sistema General de Participaciones - SGP para Agua Potable y Saneamiento Básico.
• Liderar la elaboración de los estudios e informes sobre el desarrollo de las políticas, planes, programas y proyectos impulsados por el Ministerio en materia de agua potable y saneamiento básico.
• Proponer los documentos que desarrollen las políticas, planes y programas de agua potable y saneamiento básico.
• Apoyar la formulación e implementación de la política de gestión de la información de agua potable y saneamiento básico.
• Articular las políticas de agua potable y saneamiento básico con las de manejo integral del recurso hídrico del Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible.
• Articular, con el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, las políticas relacionadas con la gestión integral de residuos sólidos, en los aspectos relacionados con el servicio público de aseo y el aprovechamiento asociado al mismo.
• Coordinar y articular con el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural las políticas relacionadas con agua potable y saneamiento básico para zonas rurales.
• Coordinar y articular con el Ministerio de Salud y Protección Social la definición de los requisitos de calidad del agua que deben cumplir las personas prestadoras del servicio público domiciliario de acueducto.
• Dirigir y orientar las acciones de monitoreo del Sistema General de Participaciones SGP.
• Apoyar la gestión del riesgo asociado al servicio público de agua potable y saneamiento básico, en el marco del Sistema Nacional de Atención y Prevención de Desastres.
• Proponer los reglamentos técnicos del sector de agua potable y saneamiento básico.
• Apoyar las negociaciones para la contratación de créditos externos y cooperación internacional, destinados al sector de agua potable y saneamiento básico y coordinar la asignación de los recursos provenientes de dichas fuentes.
• Apoyar el desarrollo y sostenimiento del Sistema Integrado de Gestión Institucional, y la observancia de sus recomendaciones en el ámbito de su competencia.
• Las demás asignadas en la ley y las que por su naturaleza le correspondan.